02 broad institute官網(gmat送分學校代碼)

檢測黑洞所產生之引力波成為可能

Celso Grebogi

亞伯丁大學自然科學與計算科學院非線性及復雜系統“六世紀”(Sixth Century) 講座教授

Edward Ott

馬里蘭大學電子與應用物理研究所以及系統研究所電氣工程與物理學杰出校聘教授

James A.Yorke

馬里蘭大學物理科技所數學與物理學杰出校聘教授

入選理由：描述了混沌系統的一種控制理論(OGY 方法)

化學

George M.Church

哈佛醫學院遺傳學 Robert Winthrop 教授

張鋒

W.M.麻省理工學院生物醫學工程學 Keck Career Development 教授，博德研究所 (Broad Institute) 核心成員

入選理由：在老鼠和人類細胞中應用 CRISPR-cas9 基因編輯技術

盧煜明

香港中文大學李嘉誠健康科學研究所醫學及化學病理學教授，李嘉誠健康科學研究所所長

入選理由：在孕婦血漿血中檢測到胎兒游離 DNA，是無創產前檢測的革命性成果

Hiroshi Maeda

崇城大學藥物輸送科學研究所教授，熊本大學醫學院榮譽教授

Yasuhiro Matsumura

日本國家癌癥中心 (National Cancer Center Japan) 探索性腫瘤學研究和臨床試驗中心 發展療法部主任

入選理由：發現大分子藥物的高通透性和滯留效應，是癌癥治療學的重要發現

經濟學

Olivier J.Blanchard

美國華盛頓彼得森國際經濟研究所 C.Fred Bergstrom 高級研究員，麻省理工學院經濟系經濟學 Robert M.Solow 教授

入選理由：對宏觀經濟學作出貢獻，其中包括經濟波動與雇傭的決定因素

Edward P.Lazear

胡佛研究所 Morris Arnold 及 Nona Jean Cox 高級研究員，斯坦福商學院管理與經濟系人力資源 Jack Steele Parker 教授

入選理由：對人事管理經濟學獨特領域的發展

Marc J.Melitz

哈佛大學經濟系政治經濟學 David A.Wells 教授

入選理由：對于企業異質性及國際貿易的開創性的描述

文學

阿多尼斯(敘利亞)、村上春樹(日本)、恩古吉·提安哥(肯尼亞)、伊斯梅爾·卡達萊(阿爾巴尼亞)、北島(中國)、閻連科(中國)喬伊斯·歐茨、(美國)菲利普·羅斯、(美國)、唐·德里羅 (美國)、約恩·福瑟(挪威 )、卡爾·奧韋·克瑙斯高(挪威 )、哈維爾·馬里亞斯(西班牙)、彼得·漢德克(奧地利)、阿莫司·奧茲 (以色列)

一文讀懂SV檢測軟件Manta的結果文件

Manta運行完畢后，將在 $ { MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants 目錄下輸出一組VCF格式的結果文件。

無論是 diploidSV.vcf.gz ， somaticSV.vcf.gz 還是 tumorSV.vcf.gz ，他們描述sv的規則是一致的，只是在記錄的信息上略有不同。如，

使用 gzip -d -c *.file.gz > *.file 命令可生成解壓縮的VCF文件。

對于大的片段缺失，在VCF中 ALT 一列會有 <DEL> 的標志， ID 中將以 MantaDEL 開頭，使用 grep "<DEL>" diploidSV.vcf 命令可以直接將這一類的變異提取出來。 CHROM 和 POS 中記錄的是該Deletion在參考基因組上的起始位置， FORMAT 中 END 記錄的是Deletion在參考基因組上的終止位置， SVLEN 記錄的是缺失片段的長度。

FORMAT 中的 PR 和 SR 記錄的是支持REF和ALT基因型的Paired Reads數和Split Reads數。

在 diploidSV.vcf 中還會在 FORMAT 中包含基因型相關的信息，如GT，GQ， PL等（不懂這些概念？請參考： 買粉絲s://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article.php?id=1268 ）。

對于大的片段插入，Manta會在 CHROM 和 POS 中記錄DNA片段的插入位置，并在 ALT 中加入 <INS> 的標志， ID 中將以 MantaINS 開頭。這里插入的“DNA片段”，個人理解指的是外源的DNA片段，即無法比對到參考基因組，或者無法比對到參考基因組唯一位置。因此，Manta只能通過斷點附近的reads得到插入片段兩端的序列，但無法將整個插入片段的序列組裝起來（如果有不同意見，歡迎留言討論）。 INFO 中的 LEFT_SVINSSEQ 和 RIGHT_SVINSSEQ 給出了插入片段左右兩端的序列信息。

Manta中，符合以下幾個條件的插入或缺失會被歸類于small indels:

雖然這些小的indels的ID也以 MantaDEL 或 MantaINS 開頭，但在VCF中的表示方式和前述的DEL和INS不同，Manta將這些變異的完整的插入/缺失序列給在了 REF 或 ALT 中。并且會在INFO中增加 CIGAR 標簽，對此類變異進行描述。

Manta沒有辦法檢測散在重復（Dispersed plications），但可以檢出串聯重復（Tandem Duplicate）。

Manta對于染色體間易位和染色體內易位不做特殊區分， ID 都以 MantaBND 開頭，BND即breakend的縮寫。在 CHROM 、 POS 中展示第一個斷點位置，在 ALT 中展示第二個斷點位置，例如： A]10:115172011] 、 [12:70547434[C 。通過比較第一個斷點和第二個斷點的染色體，可以判斷是染色體間易位還是染色體內易位（這里為了描述方便，使用了“第一個斷點”、“第二個斷點”的描述方式，事實上兩個斷點并沒有順序之分）。

值得注意的是， ALT 中方括號的方向在判斷融合基因中有重要的作用。 ...]...] 指易位序列在第一個斷點位置的3'端， [...[... 指易位序列在第一個斷點位置的5‘端，如下圖。

染色體片段在易位的過程中，可能會平移并連接到另一段染色體上(見下圖 variant a），也可能翻轉之后再連接到另一段染色體上（見下圖 variant b）。具體看上面的兩個例子，其中 example1 的兩條記錄ALT中的方括號方向不一樣，它對應的是variant a這種情況； example2 的兩條記錄中方括號方向一致，對應的是variant b這種情況。

在默認情況下，Manta會用4條BND記錄來表述一個倒位事件，并且這四條記錄擁有相同的 EVENT 標簽。下面是官網上給的例子：

但開發者另外提供了一個腳本 $MANTA_INSTALL_FOLDER/libexec/買粉絲nvertInversion.py 可以將BND記錄的Inversion轉換成另一種形式（見下），并以 MantaINV 作為 ID 的開頭，每條記錄表述一個新的連接點的信息，位置信息記錄在 CHROM 和 POS 中。一條標準的Inversion應該有兩連接點的記錄，并且擁有相同的 EVENT 標簽。

另外，在Inversion的記錄中， INFO 中還提供了 INV3 、 INV5 兩個標簽，INV3指發生倒位的序列位于此記錄報道的連接點的3'端，INV5指發生倒位的序列位于此記錄報道的連接點的5'端。在IGV中，INV5標簽對應的是"RR" reads，INV3標簽對應的是"LL"reads（可參考我的 另一篇筆記 ）。

需要注意的是，在實際應用中得到的VCF完成格式轉換后，存在很多雖然標注為 Manta:INV ，但只有一條記錄情況，因此實際上并不是一個標準的Inversion事件。

不同的SV檢測軟件都有自己的一套描述規則，有很多細節值得琢磨，以后有新的體會再慢慢補充。

去美國讀研，專業供應鏈管理。求問有哪些學校對工作經驗要求低的？

美國物流專業比較好的學校：

1．物流專業包含在工業工程系，偏重分析和研究的學校。

（1）Columbia University (NY) 專業排名：16

物流專業沒有設在在商學院，而是在工程學院的工業工程系里，專門有Engineering Management Systems的專業方向，主要集中在物流，供應鏈以及預算管理的分析領域，非常偏重于利用工程學的方法以及隨即模型的建立對物流和供應鏈進行研究和分 析，不適合文科的申請者，適合理工科背景的申請者。

（2）Georgia Institute of Technology 專業排名：13

和Columbia大學一樣，物流管理沒有設在在商學院，而是在工程學院的工業工程系里，專門有Logistics and Transportation的方向，比較適合理工科背景的申請者申請。

2．提供專門的物流和供應鏈學位的學校

（3）Massachusetts Institute of Technology (Sloan) 專業排名：1

物流和供應鏈專業設在 Sloan School of business and management里面，System Design and Management Program就專門有supply chain的方向。另外，在PHD的研究方向中，專門有operation management的方向以及Center for Transportation & Logistics，專門從事物流以及供應鏈方面的研究，主要側重制造業和交通領域的物流和供應鏈研究。Sloan商學院是全美最著名的商學院之一，申請難度非常大。需要注意的是，MIT的物流主要偏重制造業領域的應用，比較適合工科背景的申請者，或者在制造業有工作經驗的申請者。

（4）Michigan State University (Broad) 專業排名：2

商學院專門提供Master of Science in Logistics學位。這個學校的物流專業主要偏重于提高企業競爭力和戰略規劃上面，要求申請者至少要有2年工作經驗。這個學校的物流專業比較適合在國內有相關領域的工作經驗，文科背景的申請者。

（5）Case Western Reserve University

物流專業設在管理學院當中，專門有Master of Management in Supply Chain Management，學習內容包括供應鏈管理方法，概念以及數量研究方法。這個碩士項目與一般

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