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Instagram刷粉絲, Ins買粉絲自助下單平台, Ins買贊網站可微信支付寶付款2024-06-10 04:12:19【】6人已围观
简介轉錄組PCR去重原始數據查看:比對:比對結果:查看sam行數:igv:提取mapped:wc-l查看mapped的sam行數:對mapped的進行igv:#######################
轉錄組PCR去重
原始數據查看:
比對:
比對結果:
查看sam行數:
igv:
提取mapped:
wc -l 查看mapped的sam行數:
對mapped的進行igv:
#################################
trim:
比對:
經過trim后比對情況并未改善:
網站 : 買粉絲s://sourceforge.買粉絲/projects/fastuniq/
用法:
去重命令:
去重率:
比對:
比對結果:
查看sam:
igv:
提取mapped:
查看mapped行數:
提取mapped后不能用igv。原因是缺少header:
解決:提取mapped時加-h參數:ref: [E::sam_parse1] missing SAM header
網站 : 買粉絲s://bioinf.shenwei.me/seqkit/
用法:
命令:
查看行數:
比對:
報錯了:雙端不對齊
seqkit去重率約 50-70% ,但是使用后雙端不齊,無法比對。但是可以保留去重掉的fastq。
官網 : 買粉絲s://github.買粉絲/dstreett/Super-Deper
新地址 : 買粉絲s://github.買粉絲/ibest/HTStream
用法 :
命令:
查看行數:
修改參數:
查看again:
比對:
比對結果:
查看sam行數:
igv:
提取mapped:
查看mapped的行數
super_deper率約 3-4% ,去重去的太多。原理是什么呢?
官網 : 買粉絲s://github.買粉絲/OpenGene/fastp
用法:
命令:
查看:
查看:
比對:
比對情況:
提取mapped:
查看行:
igv:
官網: 買粉絲://買粉絲.htslib.org/
查看行:
提取mapped:
查看mapped的行數:
igv:
官網: 買粉絲s://broadinstitute.github.io/picard/
用法 :
直接刪除冗余:
查看行:
igv:
提取mapped:
查看行數:
igv:
# 比對效率低?
用hisat2比對看竟然比對效率提高這么多
2019意猶未盡的基因組可視化IGV(一)
做項目最后一般會得到幾個Excel表格,比如其中會有上下調基因,高表達低表達基因等,按照表格去找基因很麻煩并且不容易比較。因此,基因組瀏覽器是一個非常常用的功能,可以方便我們看看變異信息、可變剪切信息,上下游基因等等特性。目前開發了40多種瀏覽器,總體上有這么幾個特點:針對高通量數據(尤其是為分析變異而測的數據)、對大的bam文件進行可視化、自己電腦上運行保證數據私密性
我們的主要目標是學習IGV,那么 它到底能干什么?
使用IGV的 基本步驟:
就像把大象塞進冰箱需要三步一樣,使用IGV也很簡單:啟動=》選擇合適的基因組(這里一定要選合適,因為即使一個物種基因組版本不同,基因的坐標也有區別)=》加載組學數據=》可視化探索(比如找SNVs、結構變異、基因融合等)
通過這個教程,基本可以做到:
IGV官網: 買粉絲://software.broadinstitute.org/software/igv/download
比如上面輸入 chr1:10,000-11,000 ,就將這1000bp的區間顯示出來,還將序列顯示為有顏色的長條,sequence頂部一行為堿基序列,其中A為綠色,C為藍色,G是橙色,T是紅色,這樣利用顏色方便了識別重復序列;
另外它的下方幾行是翻譯的氨基酸序列,其中綠色表示蛋氨酸,紅色為終止密碼子,通過點擊頂部那一行可以選擇隱藏或顯示氨基酸序列
然后看右上角的 + ,可以縮放,讓我們看堿基看的更清楚,直到單堿基水平,它會先從基因開始顯示,當放大到一定程度時,序列信息就展示出來(看來自官網的解釋: 買粉絲s://software.broadinstitute.org/software/igv/sequence_track_options )
(只要之前添加了基因名的注釋track),例如直接在長條框中輸入 BRCA1
另外,定位到基因后,還可以看看兩個相鄰基因有什么區別:
比如可以看到:BRCA1和NBR2兩個基因方向相反,BRCA1的第一個外顯子在最右側
橫線表示內含子區域,豎條表示外顯子區域,箭頭表示基因轉錄的方向或者說轉錄的鏈。高的豎條表示外顯子的CDS區域,矮的豎條是UTR。圖中表示的是3’=》5‘方向,基因也是在負鏈,5’UTR在左側,3‘UTR在右側
(顏色不用管,都是自己可以設置的:右鍵track=》change track 買粉絲lor)
(在biostar的解釋: 買粉絲s://買粉絲.biostars.org/p/105248/ )
(關于基因結構: 買粉絲s://買粉絲.jianshu.買粉絲/p/705a93f9db36 )
結合IGV理解這句話:
有時想保存當前的搜索區域,有點像瀏覽器的書簽功能,可以利用 Regions 的 Region Navigator 功能,當進行全局瀏覽時,可以邊看邊點擊 add 來添加
諾貝爾獎提名名單一覽表各獎項提名者完整名單
諾貝爾獎提名名單一覽表
目前諾貝爾將的各獎項的評選工作仍在進行之中,最終獲獎者名單要等到揭曉的那一天才會公布,屆時小編也將會在第一時間為大家更新獲獎者名單。在此先為大家帶來諾貝爾獎提名名單,大家也可以根據自己的了解來預測一下今年諾貝獎各獎項的得主。
生理學或醫學
James P.Allison
醫學博士,德克薩斯大學安德森癌癥中心免疫學系教授兼主任
Jeffrey A.Bluestone
美國加利福尼亞大學舊金山分校 (UCSF) 醫學院內分泌新陳代謝學 A.W.and Mary Margaret Clausen 特聘教授
Craig B.Thompson
紀念斯隆-凱特琳癌癥中心總裁兼首席執行官
入選理由:解釋 CD28 和 CTLA-4 如何成為 T 細胞活性的調節因子,調節免疫反應
Gordon J.Freeman
丹娜法伯癌癥研究院腫瘤內科學系教授,哈佛醫學院醫學教授
Tasuku Honjo
京都大學醫學研究生院免疫與基因組醫學學系教授
Arlene H.Sharpe
哈佛醫學院微生物學與免疫生物學系比較病理學 George Fabyan 教授,布萊根婦女醫院病理科成員
入選理由:闡明程序性死亡受體-1 (PD-1) 及其路徑,促進了癌癥免疫治療的發展
Michael N.Hall
巴塞爾大學教授
David M.Sabatini
麻省理工學院生物學教授;霍華德•休斯醫學研究所研究員;白頭研究所 (Whitehead Institut) 成員;布洛德研究所 (Broad Institute) 資深成員;科赫綜合癌癥研究所 (Koch Institute for Integrative Cancer Research) 成員
Stuart L.Schreiber
哈佛大學化學與化學生物系 Morris Loeb 教授;霍華德•休斯醫學研究所研究員;布洛德研究所 (Broad Institute) 化學生物科主任
入選理由:發現雷帕霉素靶蛋白 (TOR) 及雷帕霉素機能靶蛋白 (mTOR) 的生長調節因子
物理學
Marvin L.Cohen
加州大學伯克利分校物理學系校聘教授
入選理由:固體材料的理論研究及其屬性預測,尤其是經驗贗勢方法
Ronald W.P.Drever
加州理工學院物理學名譽教授
Kip S.Thorne
加州理工學院理論物理學 Feynman 教授
Rainer Weiss
麻省理工學院理論物理學名譽教授
入選理由:設立激光干涉引力波天文臺 (LIGO) 并使
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