01 科研軟件下載買粉絲(怎樣批量計算基因編碼區長度)

研究生期間，有哪些好用高效的科研工具或者軟件？

我來推薦一個閱讀文獻的工具吧！無論你是什么研究生，閱讀文獻做標注肯定都是必要的。

它就是——MarginNote！！！

看它的介紹：一款會重塑學習方式的閱讀筆記工具。是不是很高大上的感覺？

一開始我是在 iPhone 版認識它的，有免費版和付費版，我毫不猶豫滴選擇了免費版。其實我對免費的東西是有些不信任的，總覺得是不是用戶體驗要差一點，但是這款 app 真的良心了。免費版只不過有點廣告和不能改變字體這種小問題。所以，習慣用 iphone 或者 iPad 的寶寶們，愉快滴下載免費版就好啦！iOS 付費版價格是 68 軟妹幣哦。

我自己在用的是 Mac 版，沒有免費版，付費版要 198 軟妹幣......但是不得不說功能還是蠻強大的。其實最好是用 iPad ，免費而方便。

來，我們先看一下它的官方介紹👇

功能齊全，所以用來讀書做標注真的很合適。但是劣勢就是，真的有點復雜，并不是那種看看就能上手的。但是，iOS 版很貼心的準備了使用教學，打開 app 就能看到，Mac 版有三篇功能介紹，雖然是英文的，但是并不難理解。

看看簡介，再上手摸索一下下，相信你會愛上它。

因為功能好多，所以我挑了最簡單也是最需要的介紹給大家～

So，let's do it！💪

注意看圖上的標注哦～

打開就是這樣的界面，雖然我做過一點小小的修改（新建分組并導入了我的書，刪除了原來的教程）。

左上角的【文件夾和加號】就是新建分組，右上角的【➕】就是導入你的書，從 Dropbox 或者文件瀏覽器中都可以導入，非常方便。

我覺得我在圖上標注的超級清晰～

選擇一段文字，可以給它標顏色，并在側邊做批注。當然，批注最后可以隨著文本一同導出PDF。

選中文字之后很多選項會出來。前兩個是做批注，第三個是自定義顏色，第四個是加標簽，第五個是建立思維導圖，第六個是網上搜索，第七個是刪除，后邊幾個都是顏色和樣式，可以嘗試哦～

最底下一欄是工具欄，你可以隨意折騰～高亮、加框等等不在話下。

圖上就是我為了演示各種筆記標注而折騰的一頁。

利用最底下一欄的工具，可以各種加批注，就是圖上這種折騰的樣子。有方方正正的框和高亮，也有歪七扭八的圈和線。

還有很強大的一點，就是你打開批注，可以各種編輯，還可以自己錄音、插入相片、添加標簽哦。

當然，導出和同步也超級人性化，可以根據自己的需求導出想要的內容。左上角那個【半封閉的框和向上的箭頭】就是導出和同步啦。

最后一個選項，就是導出PDF，然后會出現這個界面，根據自己需要的內容，愉快滴diy導出吧～

這款app功能真的很多很強大，還有思維導圖和大綱視圖兩種，我覺得很好。好多功能我自己也還在探索當中，也不好意思裝作很懂的樣子給大家介紹。總之，這款app看書很合適。一起探索吧！

怎樣批量計算基因編碼區長度

有些時候我們需要知道轉錄本長度，比如在使用RNA-seq計算FPKM的時候，為了準確地評估不同基因的表達量，一般是用覆蓋該基因/轉錄本的總reads數除以基因/轉錄本的長度，有些時候我們需要知道基因編碼區的長度，比如在使用VAAST評估致病候選基因的時候，有些基因因為編碼區特別長（如TTN）總是排名靠前，如果考慮到它的編碼區長度后，排序將會更加科學。 那么怎樣獲得基因編碼區長度呢？這個問題看起來比較簡單，只要將每個外顯子的長度加起來就可以了，對于單個轉錄本可以通過NCBI的CCDS數據庫查詢，但是基因有多個轉錄本，每個轉錄本的編碼區有重合，所以基因編碼區不是每個轉錄本編碼區的簡單相加，所以要想準確地獲得每個基因的編碼區長度并不容易，而且目前并沒有現成的數據庫，經過游俠在網上摸索后將相關方法整理如下，供大家參考。首先從sanger網站下載基因注釋文件GTF，ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gen買粉絲de/Gen買粉絲de_human/release_19/gen買粉絲de.v19.annotation.gtf.gz。然后在R中使用GenomicFeatures工具包。library(GenomicFeatures)txdb <- makeTranscriptDbFromGFF("yourFile.gtf",format="gtf")收集每個基因的編碼區編號exons.list.per.gene <-cdsBy(txdb,by="gene")通過rece函數避免重復計算重疊區exonic.gene.sizes <- lapply(exons.list.per.gene,function(x){ sum(width(rece(x)))})生成的gene ID為ensemble編號，可以通過買粉絲s://biodb買粉絲-abcc.ncifcrf.買粉絲/db/db2dbRes.php，轉換為gene symbol。另外游俠已經處理好了人類所有基因的編碼區長度，如果有需要的話，可以在買粉絲號留言索取。

基因檢測與解讀(gh_561c4ccc5356)

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